Apollo Engineering is opgericht in 1986 door Martinus van der Meulen en Frits de With. In het hartje van Friesland werd in het centrum van Aldeboarn een winkelpand gekocht en omgebouwd tot een engineeringsbureau.

Dit pand bleek al snel te klein. Sinds 1996 is Apollo Engineering aan de rand van het dorp Aldeboarn gevestigd. Hier is meer ruimte voor de engineers en kunnen de door Apollo

Engineering ontworpen machines worden geassembleerd en getest.

In 2010 hebben Van der Meulen en De With een stapje terug gedaan en is Apollo Engineering overdragen aan Erik Zwaagstra en Bauke van den Akker. Zij hebben nu de leiding over het bedrijf.